قامت عدة صراعات بين خلفاء الدولة العباسية وبين البيت العلوي في عدة مناطق من الجزيرة العربية إلى المغرب إلى أواسط آسيا.
1- ثورة النفس الزكية

المقصود بالنفس الزكية هو محمد بن عبد الله بن الحسن المثنى بن الحسن السبط بن علي بن أبي طالب، الذي قاد هو وأخوه إبراهيم ثورة العلويين ضد الخليفة العباسي أبي جعفر المنصور. محمد النفس الزكية كان يرى نفسه أحق بالخلافة من المنصورفامتنع عن بيعته، وأخذا يعدان العدة ويجمعان الرجال من أجل الانقضاض على المنصور الذي رأى فيهما خطرًا كبيرًا يهدد دولته.

بعد ضغوط كبيرة من المنصور على آل بيت محمد النفس الزكية اضطر الأخير للظهور حيث اعترف به الناس في مكة والمدينة ليقوم بإعلان ثورته وتقوم الحرب بينه وبين جيش المنصور لتنتهي بمقتل محمد النفس الزكية.

2- موقعة فخ

وقعت عام 169 هجرية بالقرب من مكة بين الجيش العباسي وثائرين علويين بزعامة الحسين بن علي بن الحسن المثلث من سلالة علي بن أبي طالب.

في هذا اليوم قتل الحسين بن علي يوم التروية بعدما أعلن البيعة لنفسه في مكة فأرسل الخليفة العباسي موسى الهادي جيشاُ للقضاء على الثورة سريعًا.

3- دولة الأدارسة

هي دولة أقيمت في المغرب بعد مبايعة إدريس بن إدريس بن عبد الله الذي نجا أبوه من موقعة فخ إلى مصر ثم إلى المغرب حيث أعلن ثورته لكن الخليفة العباسي هارون الرشيد قتله بالسم، فانتظر البربر ولادة ابنه حيث بايعوه.

دولة الأدارسة كانت إرهاصًا لقيام الدولة الفاطمية الشيعية لاحقًا.

في المقابل أنشأ العباسيون دولة الأغالبة في تونس لتمنع تمدد الأدارسة.

4- الدولة الفاطمية

قامت في بداية العصر العباسي الثاني في تونس على يد عبيد الله المهدي وتمكنت من التمدد حتى ضمت إليها مصر وأجزاء من الشام والعراق ليتخذ الصراع السني الشيعي منحى جديدًا.

المقريزي في كتابه الخطط أسهب في ذكر الاضطهاد الذي لاقاه المنتسبين للفقه السني في الدولة الفاطمية حيث ذكرت بعض حالات القتل والصلب لمن يعلن انتماءه السني.

استمر الوضع كذلك حتى تمكن صلاح الدين الأيوبي من الإجهاز على ما تبقى من الدولة الفاطمية.

جدير بالذكر أن الدولة الفاطمية أفرزت طائفة الباطنية بقيادة الحسن الصباح الذي ربى أتباعه بقلعة الموت في قزوين ليقوموا بعمليات اغتيال لخصومه من السلاطين والخلفاء والوزراء من المسلمين بالإضافة إلى الصليبيين.

في إحدى الليالي استيقظ صلاح الدين الأيوبي ليجد خنجرًا تحت وسادته كتهديد له من الباطنية مما كان له أبلغ الأثر في قيام صلاح الدين بالعمل على اجتثاث الشيعة الباطنية والفاطميين كدولة وكفكر.

يقول بعض المحللين أن العصر العباسي هو العصر الذي تم فيه تدوين كلا الفقهين السني والشيعي وتلوينهما لمواجهة الفكر الآخر. مما ساعد على ذلك كان كثرة الصراعات العلوية العباسية من جهة بالإضافة للمناخ الثقافي الواسع الذي تكون نتيجة اتساع الحركة العلمية والانفتاح على الحضارات اليونانية والشرقية.

ومن بين أبرز الصراعات الفكرية التي شهدها عصر الدولة العباسية كان قضية خلق القرآن التي تم فيها اضطهاد الإمام أحمد بن حنبل من قبل الخليفة العباسي المأمون نتيجة لما يقال أنه قام بتحريض من أئمة المعتزلة الذين يصفهم البعض بأنهم إحدى المجموعات التي خرجت من الشيعة.