ما أن وصل حزب البعث للسلطة في العراق عام 1968, حتى كان السيد محمد باقر الحكيم, من أوائل الشخصيات المتصدية لأفكارهم المنحرفة, لما عرف عن البعث من ممارسات إجرامية, وأفكار هدامة, ابتدأتها بجرائم الحرس القومي عام 1963, وتطبيق الممارسات الطائفية البغيضة, بشكل علني ضد المسلمين الشيعة, والأكراد في شمال العراق.

إذ باتت قرارات سلطة البعث الأولى مدعاة للسخرية, لما تنم عن حقد دفين, وسموم ضد الأكثرية من أبناء الشعب العراقي, ومارس البعث في سلطتهم الثانية, سياسات عدوانية ضد التيار الإسلامي, فكانت بدايتهم اعتباره “تيار رجعي”, فقام بشن حملات شعواء لاستهدافه, خاصة بعد توجيه التهم بالعمالة والتجسس, ومحاولات الانقلاب لأغلب شخصياته, لاسيما رواد الحركة الإسلامية أمثال السيدين مهدي الحكيم وحسن الشيرازي.

جاء عام 1970؛ لتبدأ ملاحقة السيد محمد باقر الحكيم, من قبل السلطات البعثية, نظراً نشاطاته البارزة حيث؛ اعتقلت حكومة البعث السيد شهيد المحراب؛ بتهمة دعم التحرك الإسلامي في العراق ضد النظام الحاكم, على اثر ذلك صدر حكم الإعدام بحقه, ولكن أفرج عنه لاحقاُ, منذ تلك الإحداث تصاعدت المواجهة بين الإسلاميين “الشيعة”, الذين كانوا يقودون التيار الإسلامي بالمحافظات كافة, والنظام الحاكم.

أوفد السيد شهيد المحراب ممثلاً عن المرجعية الدينية, لإلقاء كلمتها في الانتفاضة الحسينية عام 1977, التي قادتها المواكب الحسينية والتي عرفت “بانتفاضة رجب”, على اثر منع النظام السابق المواكب الحسينية المتوجه من مدينة النجف إلى كربلاء, لإحياء ذكرى أربعينية الإمام الحسين “ع”, واعتقل معه السيد محمد باقر الصدر, وعدداً كبيراً من المؤمنين, وصدرت بحقهم إحكام متفاوتة, وصلت لإعدام بعض قادتها.

اثر استشهاد السيد محمد باقر الصدر عام 1980, على يد زمرة صدام, تمكن السيد الحكيم من الخروج من العراق, ليساهم في استمرار دعم الثورة الإسلامية بالعراق, وتقديم الدعم السياسي والإنساني للحركة الإسلامية في الخارج, بعد أن ضاقت عليهم السبل, بسبب ممارسات الإجرامية, التي استخدمها النظام ضدهم في الداخل, دعم تأسيس “حركة المجاهدين العراقيين”, التي ترأسها آنذاك السيد عبد العزيز الحكيم.

سعى السيد شهيد المحراب؛ مع ثلة من المجاهدين لتأسيس المجلس الأعلى للثورة الإسلامية في العراق, عام 1982, ليكون الخيمة التي يجتمع تحتها أبناء التيار الإسلامي المعارض للنظام السابق، كما تصدى شهيد المحراب لجرائم صدام بحق الشعب العراقي, خاصة أسرة أل الحكيم, حينما رد بمقولة جده أبي الأحرار؛ “هيهات منا الذلة”.