من بين الحريات التي منحها الإسلام للإنسان هي حرية الفكر ودعاه وحثّه على التفكّر والنظر والتدبّر والتعقّل في جميع المجالات بما فيها الكون والحياة والآخرة، بل أنه لم يضع خطوطًا حمراءً على عملية التفكير ولم يضيق دائرتها، حتى في القضايا التي تتعلق بإثبات الخالق وأفعاله وصفاته، وأشار الى حقيقة وهي أنَّ الفكر والتفكير هو السبيل الى النجاة والإستفادة من الوجود والحياة، وقد فضَّلت رسالة السماء التفكير على العبادة، فقد روي عن الامام الصادق- عليه السلام- أنَّه قال: «تفكّر ساعة خير من عبادة سنة، إنما يتذكّر أولو الألباب»، بحار الأنوار، ج15، ص195،
ولكي لا تتعطل عملية التفكير، فقد وضع الإسلام الطرق الناجعة للتفكير الصحيح، وذلّلَ العقبات التي تعرقل عملية التفكير الصحيح التي كانت تسير عليها الأمم السابقة كالتقليد والإنقياد الأعمى وإهمال النظر والتفكر والتعقل، كما أنه وضع الأسس الشرعية والعلمية والأخلاقية للتمييز بين الفكر السليم والفكر السقيم، وبين الحق وبين الباطل…، ومتى ما التزم الإنسان بهذه الضوابط فإنه سيكون في مأمن من الوقوع في الشر، ومن حبال وشباك أئمة الضلال والتضليل والنفاق والفتن، الذين يتخذون من سياسة التجهيل وتغييب التفكير وتجميد العقول طريقًا للسيطرة على الناس واستعبادها وإذلالها، وسيكونون أشدّ أعداء الإمام المعصوم -عليه السلام- إمام العلم والفكر والسلام والأخلاق والإعتدال والوسطية،
وقد حذرت الروايات منهم ومن مغبّة الإنقياد لهم،ومنها قول النبي -صلى الله عليه وآله وسلم -:«سيأتي على أُمتي زمانٌ لا يبقى من القرآن إلا رسمه، ولا من الإسلام إلا إسمه، يُسمَّون به وهم أبعد الناس منه، مساجدهم عامرة وهي خراب من الهدى، فقهاء ذلك الزمان شرُّ فقهاء تحت ظل السماء، منهم خرجت الفتنة وإليهم تعود»،(ثواب الأعمال وعقاب الأعمال / الصدوق / ص301).
فالإسلام لم يُلغِ ولم يضطهد حرية التفكير، بل دعا إليها وحث عليها وفضَّلها على العبادة، وبنفس الوقت وضع الطرق الناجعة للتمييز بين الفكر السليم والفكر السقيم من أجل سعادة وكمال الإنسان،وهذا ما أكد عليه الاستاذ المهندس قائلا: «لا يمكن سد باب العلم ولا يمكن حبس واضطهاد الحرية الفكرية، ولكن يمكن فرز الأطروحة الكاذبة أو المشتبهة عن غيرها بواسطة اتّباع المكلف للدليل العلمي الأخلاقي الشرعي، وعدم اتّباع أهل الدنيا وسادة النفاق أعداء الإمام المعصوم -عليه السلام- الذين تصفهم الروايات بأنهم أشر أهل الأرض منهم تخرج الفتنة وإليهم تعود، فاستعمل عقلك بحكمة وموعظة حسنة وكن في طريق إمامك وفي نصرته واثبت على ذلك تكن على خير وسداد».
