ولد سماحته في التاسع من شهر ربيع الأول عام 1349 للهجرة في المشهد الرضوي الشريف في أسرة علمية معروفة ، فوالده هو العالم المقدّس( السيد محمد باقر ) ووالدته هي العلوية الجليلة كريمة العلامة ( المرحوم السيد رضا المهرباني السرابي) وجدّه الادنى هو العالم الجليل ( السيد علي ) الذي ترجم له العلامة الشيخ آغا بزرك في طبقات أعلام الشيعة قائلاً: ( انه كان في النجف الأشرف من تلامذة الحجّة المؤسس المولى علي النهاوندي وفي سامراء من تلامذة المجدد الشيرازي، ثم اختص بالحجة السيد اسماعيل الصدر، وفي حدود سنة 1318 هـ عاد إلى مشهد الرضا ( عليه السلام ) واستقر فيه وحاز مكانة سامية مع ما كان له من حظ وافر من العلم مقروناً بالتقى والصلاح ) .
نبوغه العلمي
لقد برز السيد السيستاني ( دام ظلّه ) في بحوث اساتذته بتفوق بالغ على اقرانه وذلك في قوّة الإشكال وسرعة البديهة وكثرة التحقيق والتتبع ومواصلة النشاط العلمي وإلمامه بكثير من النظريات في مختلف الحقول العلمية الحوزوية، ومما يشهد على ذلك أنه منح من بين زملاه واقرانه في عام 1380 هـ وهو في الحادية والثلاثين من عمره ـ ( شهادة الاجتهاد المطلق ) من قبل استاذيه السيد الخوئي (قدّس سرّه ) والشيخ الحلي (قدّس سرّه ) ولم يمنح السيد الخوئي شهادة الاجتهاد الإّ لنادرٍ من تلامذته منهم  الأستاذ وآية الله الشيخ علي الفلسفي من مشاهير علماء مشهد المقدسة كما لم يمنح الشيخ الحلي اجازة الاجتهاد المطلق لغيره ( دام ظلّه ) وقد كتب له ايضاً شيخ محدّثي عصره العلاّمة الشيخ آغا برزك الطهراني (قدّس سرّه ) شهادة يطري فيها على مهارته في علمي الرجال والحديث وهي مؤرخة كذلك في عام 1380 هـ…

السيد علي الحسيني السيستاني المثال الانساني الابرز في العراق, يحتضن الجميع دون النظر إلى المسميات , هو الذي يتكلم دون نطق وينطق دون كلام, هو الذي بصمتهِ أخرس اهل الضجيج ,فأمسى عنواناً لأبلغ كتاب قد عرفتهُ البشرية (العراق) . الدور الايجابي لسماحته واضحٌ كالشمس أن لم يكن اكثر وضوحاً منها.  منارةٌ تقصدها عيون جميع المعتدلين ولنقول جميع من توجد في ذواتهم  الانسانية ذوي العلم منهم أو غيرهم ,  يحسب لسيد علي الحكمة البليغة والرأي السديد والنظرةٌ الثاقبة ,  كان يحمل العراق بين يديه وهو مثخن بسهام الاحتلال والتخلف الذي افرز لنا الطائفية البغيضة , كان بالامكان كأي عالم دين يختص بأمور طائفته لكن احفاد تلك الرحمة الالهية (محمدٌ) صلى الله عليه واله , آبو ان يقتصر دورهم على حدود الطائفة فأمتدت رعايتهم المباركة لأبعد من حدود الدين الاسلامي لتشمل بقية الديانات , هو صاحب المقولة الابرز الذي لم يتجرأ احدٌ من علماء جميع المذاهب قولها (لاتقولوا اخواننا السنة بل قولوا أنفسنا) هو الذي نطقها قولاً وطبقها فعلا عن طريق الحشد , الذي جا ترجمان لتلك المقولة . ويبقى الامر الذي اذهل العالم اجمع فتوى الجهاد الكفائي , التي اسندت العراق من سقوطً لاوقوف بعده , وكانت مطبٍ بوجه المخططات إلتي اردات في العراق وشعبه السوء , لا أود الكلام اكثر عن تلك الفتوى , فتركت الامر للميدان يغازل قلوب المحبين ويغيض قلوب الاعداء بأناشيد الانتصار المبارك .   سيبقى السيد علي السيستاني الشمسُ التي تشرق ولكنها حطمت قيود الليل فجعلت منه يتساوى مع النهار. حفظك الله وادامك فخراً وعزاً للجميع. (شمسٌ لن تأفل ابداً)…