تواجه مفوضية الإنتخابات المستقلة كما يقول الإعلام والغير مستقلة كما يقول السياسيون في كل دورة انتخابية مشاكل كثيرة ..تبدأ من جمع المعلومات عن الناخبين وتدقيق سجلاتهم وحذف الناس المتوفين وإضافة الأجيال الجديدة المشمولة بالانتخابات وفق القوانين والتعليمات التي حددها الدستور العراقي …
بعدها تبدأ عملية تدقيق اسماء المرشحين من الكتل والاحزاب التي ترغب المشاركة في الانتخابات والتأكد من مؤهلاتهم العلمية لتبدأ بعدها مشكلة الدعايات الانتخابية .والتي تشاهد فيها صور المرشحين في كل موقع جغرافي شاغر في المدن العراقية .وبدون تنظيم إداري او وجه حضاري وبصورة عشوائية ..
وتبدأ عملية الانتخاب وفق برنامج خاص وموعد يحدده ويقرره اعضاء مجلس النواب العراقي ويكون باشراف كامل لأعضاء وموظفي المفوضية وعادة ماتتم عملية التصويت من خلال مرحلتين الخاص والعام والمرحلة الأولى التصويت الخاص ويشمل العراقيين المقيمين في الخارج وأفراد القوات المسلحة ..وبعدها بيوم واحد يبدأ التصويت العام ويشمل كل شرائح المجتمع العراقي المشمولة بالانتخابات. .وغالبا ما تكون مدتها اثنتي عشر ساعة قابلة للتمديد ساعتين. .تنتهي بعدها مرحلة الانتخاب وتبدأ العملية الأكثر صعوبة هي عملية العد والفرز .ومايرافقها من مشاكل فنية وإدارية كثيرة ..فمع التطور العلمي والتكنولوجي جهزت المفوضية لهذا العام أجهزة فنية تعمل على الإرسال المباشر لصوت كل ناخب عبر الأقمار الصناعية إلى جهاز حاسوب آلي في مقر المفوضية العامة ..وتكون النتائج جاهزة فور انتهاء عملية التصويت. وتلغى عملية العد والفرز اليدوي المعمول بها سابقا ومايرافقها من شبهات تزوير ..لكن يبدو أن الأخطاء الفنية وعطل بعض الأجهزة لم يوفق عمل المفوضية .وجعل الشكوك تدور حول النتائج وتأخير إعلانها بسبب العد اليدوي لبعض الصناديق زاد الطين بلة .فكثرت الشبهات على عمل المفوضية. مما أدى إلى خروج مظاهرات في بعض المدن العراقية وتطويق الناخبين إحدى دوائر المفوضية في المحافظات الشمالية ..وربما تأخير إعلان النتائج سبب هذا الارباك .وبمجرد اعلان النتائج وارسالها الى المحكمة الاتحادية للمصادقة عليها ومعرفة منه الفائز من الخاسر يرضخ جمهور كل مرشح إلى أمر الواقع ويتقبل النتيجة حتى وإن كانت مرة ….