يصر ابناء المجلس الاعلى على وجود علاقة تاريخية مصيرية تربطهم بالمرجعية الدينية, بينما يحاول الأخرين لاسيما الإسلاميين تفنيد هذه العلاقة لأسباب سياسية, المجلس الاعلى؛ عنوان لكيان سياسي تأسس عام 1982, ولد من صميم المرجعية العليا, لم نجد هناك انقطاع او تحويل بفكره وعقيدته, التي وجدت من اجلها الأطروحة السياسية الاسلامية.
اذ أول من بارك تلك الأطروحة هم المراجع؛ الإمام محسن الحكيم والشيخ حسين الحلي, والسيد محمد باقر الصدر, وأول من تبنى قيادة المشروع هم؛ السيد مهدي وباقر الحكيم بالإضافة لأخرين, آل الحكيم كانوا عازمين لوضع أسس وإطر بناء الدولة, حيث أهتموا بالمتبنى الفقهي لرؤية للدولة, هل هي؛ ولاية فقيه او حسبيه فقط ام وسطية؟؟ فكان التزامهم بما طرحه الإمام الحكيم من نظرية الوسطية بين (العامة) للإمام الخميني, و(الخاصة) للإمام الخوئي.
بعد عام 1961 ورغم انسحاب الحكيمان والصدر من مواقع التنظيمية لأسباب خاصة, لم ينسحبوا من قيادة التحرك السياسي, حيث تركوا الحالة الحزبية فقط, فتبوا فتح عدة مؤسسات بالمجالات كافة, لتمتين علاقة الامة بالمرجعية مثلاً: (تأسيس مجلس عشائري ضمن خيرة أبناء قادة ثورة العشرين، لتوطيت العلاقة مع العشائر، تبني فكرة الإمام الحكيم بتأسيس مكتبة الحكيم العامة، لبناء علائق بين الأكاديميين وطلاب الجامعات والإعداديات، انشاء مجلة الاضواء لبناء شبكة من المثقفين والشباب الواعي، دعم الفعاليات السياسية والاجتماعية والثقافية لانضاج العلاقات من خلال الاحتفالات بولادة الأئمة والمناسبات الاخرى).
كان الإمام الحكيم وأبنائه خاصة أول المتصديين لمواجهة انحراف المجتمعات المحافظة, بسبب انتشار الافكار المنحرفة (الالحاد), ورفض طائفية عبدالسلام عارف ضد الشيعة والكرد الفيلية وغيرهم، وأول من دافعوا عن مكونات الشعب العراقي خاص بمنع الحرب ضد الاكراد, ومطالبتهم بتأسيس مجلس ثلاثي لإدارة البلاد بحكم مدني في عهد عبدالرحمن عارف, وتصدوا لفكر البعث؛ الذي أعلن أول حربه على مرجعية الإمام الحكيم.
وما تبعها من حملات الابادة التي شنت ضد عناوين المرجعية وخاصة حملت فكرها العقائدي؛ السادة مهدي ومحمد باقر وعبدالعزيز, والتضييق على أخوتهم رغم عدم تصديهم للعمل السياسي؛ كالسادة يوسف وصاحب وعلاء والبقية, والمرجع الكبير محمد سعيد, وهذا دليل ترابط المرجعية وفكر المجلس الاعلى المستل منها.
قبيل استشهاد السيد الصدر طرح القيادة النائبة, كان من ضمنها (السيدان مهدي ومحمد باقر) هذا يؤكد عمق العلاقة والامتداد المرجعي-المجلسي, ورغم عدم اعلان مشروع القيادة, سعت قيادات علمائية وسياسية لبورة افكار معينة والخروج بإطار جامع موحد لكل إقطاب التيار الإسلامي, فكان المجلس الاعلى, الذي لا يمثل الحالة الحزبية, وبعدما تزمت البعض بآرائهم وخروجهم منه بقى المجلس يدار بقياداته الحالية, متصدياً للدفاع عن المرجعية في العراق.
بعد وفاة السيد الخوئي, كان السيد محمد باقر الحكيم أول الداعمين لمرجعية الإمام السيستاني, وأكد ذلك في خطابه الاول بحرم أمير المؤمنين “ع”, تطابق الأطروحة (ببناء الدولة, والانتخابات, والدستور) دليل على عمق الترابط بالرؤى بين المجلس الاعلى والمرجعية العليا, وهذا ما تنص عليه المادة الرابعة النظام الداخلي الاساسي للمجلس الاعلى.
كما بتنفيذ توجيهاتها, والالتزام بإرشاداتها؛ كاستقالة عادل عبد المهدي عام 2010, والتصويت على الغاء امتيازات المسؤولين, ورفض الولاية الثالثة, ودعم قائمة السيد الحكيم من قبل الشيخ النجفي, وترشيح السيد عبدالهادي الحكيم ضمنها, ومتابعة ترشيحات قوائم المجلس الاعلى في كل الانتخابات, وتوافق الآراء بين خطب الجمعة بكربلاء, وأطروحات الملتقى الثقافي وغيرها.
كل هذه الاحداث؛ تعد مصاديق واقعية لتاريخ علاقة المجلس الاعلى بالمرجعية الدينية الامر الذي يتجسد بمقولة السيد عبد العزيز الحكيم(المرجعية الدينية دينا ندين به), الامر الذي تفتقد له كل القوى السياسية وخاصة الشيعية, ناهيك عن تبني كل تلك الجهات لمرجعيات غير مرجعية العليا المتمثلة بالعلماء الاربعة لاسيما المرجع الاعلى السيستاني.