في عام 2004 أرادت أمريكا تعيين مجلس حكم يضم 100 عضو لإدارة شؤون العراق بدلاً من مجلس الحكم الإنتقالي الذي يضم 25 عضو. إلاّ أن السيد السيستاني رد على هذه الخطة الأمريكية و قال “نريد إنتخابات حرة وليس تعيينات”، لأن التعيينات تعني أن أمريكا تستطيع أن تفرض من يدارون مصالحها على مصلحة الشعب العراقي في سدة الحكم أما الإنتخابات فتعني أن الشعب العراقي يستطيع أن يختار من يداري مصالحه في سدة الحكم، و على إثر ذلك إنطلقت تظاهرات حاشدة في محافظات الوسط و الجنوب تأييداً لطلب السيد السيستاني بإعتماد الإنتخابات وسيلة للحكم. و بناءً على هذا الضغط و بتاريخ 12/2/2004 إلتقى رئيس فريق الأمم المتحدة إلى العراق الأخضر الإبراهيمي السيد السيستاني في مدينة النجف، و قال في تصريح لوسائل الإعلام بأن السيد السيستاني محق ٌ في طلبه لإجراء إنتخابات مباشرة، و أن فريق الأمم المتحدة يوافقه على هذا الرأي لأن الانتخابات هي الوسيلة الأنسب لحل مشكلة الشعب العراقي، و أن الفريق متفق أيضاً مع سماحته على وجوب التحضير لهذه الإنتخابات تحضيراً جيداً لكي تثمر النتائج التي يتوخاها السيد السيستاني و التي يريدها الشعب العراقي. و كذلك طالب السيد السيستاني، في بيان مكتوب، مجلس الأمن بإصدار قرار ينص على إجراء الإنتخابات العامة في العراق.
و نتيجة لكل ذلك تم تشكيل المجلس الوطني المؤقت طبقاً لملحق قانون إدارة الدولة العراقية للفترة الإنتقالية الذي صدر في 1/6/2004 و الذي إنتهت مهمته بإنتخاب مجلس النواب للمرحلة الإنتقالية في 30/1/2005، الذي أعد دستور عام 2005 كأساس لحكم العراق وفق إنتخابات تشريعية كل أربع سنوات.
في إنتخابات 2014 البرلمانية، خاطب السيد السيستاني الشعب العراقي قائلاً لهم “غيِّروا الوجوه فالمُجرب لا يُجرب” من أجل إختيار وجوه جديدة لتولي الحكم بدلاً من الوجوه القديمة التي لم تثبت أي جدارة في الحكم، و قادوا البلاد نحو الأسوأ. و لكن حتى الذين تظاهروا تأييداً للسيد السيستاني في عام 2004 لإعتماد الإنتخابات وسيلة للحكم، لم يغيروا الوجوه بل أعادوا إنتخاب نفس الوجوه القديمة. و بهذا وجدت الوجوه القديمة نفسها سيدة الموقف و لم تعد تأبه لسوء حال البلاد و العباد.
