سنة 1978 يقول الحاج حسين الشاكري حدثني العلامة السيد محمد تقي الحكيم بقوله : زرت السيد الخوئي فاخبرني برغبته في تاسيس وبناء اكاديمية علوم عالية في النجف الاشرف وقد اشرت عليه بان يكلفك بالمشروع ، والكلام للشاكري تشرفت بلقاء السيد الخوئي ومن جملة ما تفضل به سماحته قائلا : اني اعلم عمري لا يكفي لاكمال المشروع غير اني اريد ان اضع الاسس والخطوط العامة لتطوير الدراسات الاكاديمية في النجف الاشرف واريد في الوقت الحاضر بناء مقر لائق لهذه الاكاديمية ، واردف قائلا : انظر الى النجف وما تضم من فطاحل العلماء وفضلاء طلاب العلوم الدينية فاني لو اردت ان انتخب من كل هؤلاء عددا بالمستوى المطلوب الذي خططت لهذه الاكاديمية فاني سوف لن اجد اكثر من ثلاثين طالبا بمستوى الدراسات التي اريدها ، واني وضعت الخطوط العامة والرئيسية للاكاديمية ومثلها مثل البيان في تفسير القران ، فاني على يقين من عدم قدرتي على اكماله من ناحية الزمن غير اني وضعت الاساس ومناهج البحث وكيفية التاليف لمن ياتي من بعدي ويريد اكمال التفسير ( مذكرات الحاج حسين الشاكري ت 2006 في النجف )

من هذا الكلام يتضح لنا بان السيد الخوئي قدس سره كان اهتمامه وتفكيره وتخطيطه لتطوير الدراسة في النجف دون ان يلغي الاخر ، وهذا التطوير يغلق الباب على من يحاول تسمية الحوزة بمسميات غير لائقة بل ويروجون الى اشاعات واكاذيب مفادها الخلافات بالرؤيا بين المرجعية والسيد الشهيد محمد باقر الصدر الذي كان من دعاة تطوير الدراسة او المؤسسة الدراسية في النجف ، وهنا يثبت لنا ان السيد الخوئي يؤمن بالعمل وليس بطرح افكار دون العمل عليها .

ويكفي اهتمام السيد الخوئي بمشروعه هذا لدرجة انه وضع الخطط والاسس والمنهاج لهذه الاكاديمية كما وضعها لكتابه الرائع البيان في تفسير القران لمن يريد تكملة المشروع من بعده .

وللعلم ان السيد الخوئي كان من الداعمين وبقوة لمشروع الشيخ محمد رضا المظفر في التجديد ومشروعه كلية الفقه ومنتدى النشر ، كما وسبق للسيد محسن الحكيم دعم مشروع التجديد للمظفر .

واليوم ما قام به السيد السيستاني بانجاز مشروع المدرسة المظفرية لهو دليل واضح على تاييده المطلق لمشروع التجديد ، والرائع في مراجعنا انهم يعملون ولا يصرحون هذا اولا وثانيا لا يرفضون او ينتقصون اسلوب الدراسة الحوزوية ، فكلاهما غايتهما العلم وكل على طريقته ، ومشاريع التجديد عندما تكثر فانها مستقبلا سيكون لها الحيز الاوسع في الرغبة الدراسية فيها ، وللعلم ان السيد الخوئي والسيد السيستاني من المباركين والمؤيدين والداعمين لكلية الشريعة في الجامعة العالمية للعلوم الاسلامية التي مقرها لندن وبرئاسة المرحوم الدكتور السيد محمد علي الشهرستاني ، هذا يعني ان مناهج الكلية هي من صلب مناهج الحوزة باسلوب متجدد والغاية واحدة .(كاتب السطور درس فيها وتخرج منها)

يقول الشاكري اخذت خريطة الارض وعرضتها على مكتب هندسة مشهور في بغداد وبعد التخطيط التقينا انا والمهندسون مع سماحة السيد اكثر من مرة حتى اكمل التخطيط باشرنا بحفر الاساس وبعدها المباشرة بابناء حتى كمل الهيكل العام ، ثم تعثر المشروع لعوامل عديدة بسبب حكومة البعث

ثم التزم انجاز المشروع صهره سماحة السيد جواد الكلبايكاني  وبعده التزمه معين جدّي حتى تم على يده اكمال البناء ، الاصرار على اكمال المشروع زمن الطاغية هو اكبر وافضل جهاد للسيد الخوئي ومن كان معه في الانجاز .