يوجد في مدينة النجف الاشرف عدد غير قليل من المؤسسات العاملة فيها وهي تختلف من مؤسسة لاخرى في حجم النشاط الصادر منها , وبعض هذه المؤسسات ليست مؤسسة داخل النجف الاشرف الا انها قد اختارت مدين النجف الاشرف للقيام بنشاطها .

ومن اهم تلك المؤسسات ما يلي :

1- مؤسسة الامام الخوئي (قد) وهي مؤسسة خيرية الا انها عندما دخلت الى العراق بعد التغيير بمدة قصيرة عملت على توزيع الكتب على طلاب الحوزة ثم اخذت ببيع الكتب باسعار جيد تسهيلا لطلاب العلم وهكذا اخذت تعمل طوال هذه السنوات العشرة بعد التغيير .

2- مؤسسة المرتضى (ع) الثقافية- وهي برعاية مكتب السيد السيستاني وتعنى بالفكر الاسلامي ونشر الكتب ولديها مجلة باسم مجلة النجف وفيها نشاط على شبكة النت تحت اسم منتدى المفيد وتقوم بطبع الكتب للباحثين بعد عرضها على لجنة من المختصين وعندها معرض دائم تبيع فيه الكتب على طاب العلم وغيرهم .

3-مؤسسة الحكمة للثقافة وهي باشراف مكتب المرجع السيد محمد سعيد الحكيم وهي تقوم باعمال نشر الثقافة الاسلامية عن طريق نشر المجلات ومنها مجلة ينابيع وغيرها من المنشورات العلمية كما تقوم ببيع الكتب ولديها فرع لبيع الكتب في شارع الرسول تباع فيه الكتب على طلاب الحوزة وغيرهم وبنظام التقسيط المريح .

4-مؤسسة كاشف الغطاء وهي مؤسسة باشراف الدكتور الشيخ عباس كاشف الغطاء وتعنى بنشر المخطوطات العلمية كما تنشر في توزيع المخطوطات للراغبين في التحقيق وفتحت مركزا لتعليم طلاب العلم طريقة الاستفادة من النت في الاعمال البحثية مجانا وفتحت دورات في ذلك .

5-مؤسسة شهيد المحراب للتبليغ الاسلامي وهو مؤسسة تعنى بالجانب التبليغي وقامت بتوزيع الكتب على الطلاب في الحوزة مجانا كما انها ترعى خطباء المنبر من الناحية المادية وكذلك الدعاة الذين يعملون في هذا الجانب التبليغي .

6-مؤسسة الغري للمعارف وهي مؤسسة تعمل من اجل التقريب بين الحوزة والجامعة كما انها تعمل على رد الشبهات وعندها موقع للرد وصدر منها عدد من الكتب في هذا المجال كما انها تقوم بنشر الكتب والأقراص الخاصة بنشر التشيع والثقافة العامة ايضا .ويوجد معهد تابع لأمينها العام وهو الشيخ قاسم الهاشمي باسم معهد الزهراء وهي معهد نسوي تدرس فيه الدروس الحوزوية للنساء وتوجد عندهم مكتبة عامة للقراءة وقسم خاص لنشر وبيع الكتب لطلاب العلم وغيرهم .

7- مؤسسة اليتيم وهي تحت اشراف مكتب المرجع السيد محمدسعيد الحكيم وهي تعنى بامور الفقراء والمعوزين ويعمل فيها عدد من طلاب الحوزة ولها فروع في اغلب محافظات العراق ولها اوقاف تابعة لها على طريق يا حسين من اجل خدمةزوار الامام الحسين عليه السلام وهي تقوم بصورة دورية شهرية بصرف رواتب لجميع الفقراء والايتام المسجلين في سجلاتها التي تحتوي على الاف العوائل في جميع محافظات العراق.

8- مركز ال البيت للمعلومات ويعنى هذا المركز برفع المستوي العلمي و الثقافي و يساهم في إيصال مفاهيم العقيده الاسلامية و علوم أهل البيت (عليهم السلام) و النهوض بمستويات تخدم الرسالة المحمدية و بأسلوب علمي يواكب الحركة الدينية و الثقافية للمسلم في أي مكان من بقاع العالم الذي يشهد تقدما علمياً ملحوظا في جميع مجالات الحياة .

تم تأسيس هذا المركز ـ و هو المركز الوحيد و المميز ـ الذي من خلاله يستطيع المسلم أن يجد ضالته ؛ لأنه يفتح و بصدق جميع الآفاق أمام الكثير من المسلمين دون تحديد. و كان للمرجعية الدينية في النجف الأشرف و في مقدمتها سماحة آية الله العظمي السيد علي الحسيني السيستاني (دام ظله الوافر) ؛ الدور الفاعل و المميز لفتح هذا المركز.

أهداف المركز :

و أهداف المركز كثيرة واهم تلك الأهداف هي:

(1) القيام بإرساء و نشر العقيدة الدينية التي جاء بها النبي (صلي الله عليه و آله و سلم) و أهل بيته عليهم أفضل الصلاة و السلام .

(2) الإجابة علي جميع التساؤلات في شتي المواضيع ــ الفقهية منها و العقائدية و الحياتية, و حتى السياسية و الاجتماعية.

(3) خلق مساحة واسعة للاستفادة إن كان من خلال تواجد أعداد كبيره من طلبة الحوزة أو المثقفين في المركز, أو من خلال الاتصال عبر شبكة المركز وموقعه الخاص.

9-مركز الدراسات التخصصية في الإمام المهدي وهو مركز يعنى بالقضية المهدوية من كل جوانبها ويرد على الإشكالات التي توجه اليه عبر منتداه الخاص كما يقوم برعاية الندوات الخاصة بالإمام المهدي التي يعقدها ثلة من العلماء والمتخصصين كما تعنى بنشر الكتب الخاصة بالقضية المهدوية والمسابقات الخاصة بها .

10-مؤسسة الارشاد والتوجيه الديني وهي مؤسسة تعنى بالارشاد الديني ونشر الثقافة بين ابناء المذهب سواء كانت الفقهية والأخلاقية وغيرها.

11- مؤسسة الانوار النجفية للثقافة والتنمية وهي مؤسسة تحت اشراف مكتب الشيخ بشير النجفي وتعنى بنشر الثقافة الإسلامية عبر منشوراتها الكثيرة وعبر موقعها على شبكة النت .

12-مؤسسة تراث الشهيد الحكيم {قدس} وهي مؤسسة تعنى بنشر التراث العلمي للسيد محمد باقر الحكيم وتقوم بتوزيع الكتب على طلاب العلم من منشوراتها .

13-رابطة خطباء المنبر الحسيني وهي مؤسسة خاصة بشؤون الخطباء وترعى أوضاعهم العلمية والدعوية .

14- مركز الابحاث العقائدية وهو مركز متخصص في الدفاع عن المذهب وهو باشراف مكتب المرجع الاعلى السيد السيستاني ويقوم بدور كبير في رد الشبهات وطبع كل الكتابات التي تتناول الدفاع عن المذهب ويهتم بامور الاخوة المستبصرين ورعاية شؤونهم من الجانب العلمي وموقع المركز على شبكة النت هو اكثر المواقع الشيعية نشاطا في السنوات العشرين الماضية ولا زال .

وغيرها من المؤسسات التي تحتاج إلى وقت طويل لوضع معلوماتها بصورة تفصيلية.

أهم الإصدارات والبحوث التي صدرت في النجف :

صدرت عدد من البحوث التخصصية في مجال الفقه والأصول في النجف وهي في الأعم الأغلب تخص البحث الخارج من قبيل الدرس الخارج في الفقه والأصول منها:

1-صدور عدد من أجزاء شرح مناسك الحج للسيد محمد رضا السيستاني وصلت الأجزاء الى هذه اللحظة عشرة أجزاء وهي طبعة خاصة بطلاب البحث الخارج اي طبعة محدودة التداول .

2-صدرت عدد بحوث الأصول للسيد محمد باقر السيستاني منها بحثان في حجية العلم الإجمالي ومنها أربعة أجزاء من تقرير بحثه المسمى مباني الأصول

3-صدر للشيخ محمد سند البحراني دورة في علم الرجال هي تتمة لبحوث سابقة كتبها حول مباني علم الرجال وأصبحت الدورة كاملة .

4-صدر شرح لكتاب الكفاية للشيخ محمد باقر الايرواني في خمسة مجلدات وهو خلاصة درسه للكفاية في النجف الأشرف باسم كفاية الأصول في أسلوبها الثاني.

5-شرح كتاب بديل لكتاب الحلقات باسم دروس في علم الأصول في أسلوبها الثاني للشيخ محمد باقر الايرواني .

6-صدرت عدد من المجلات العلمية في النجف منها مجلة دراسات علمية وهي مجلة فصلية صدر منها لحد الآن ستة إعداد وهي تصدر بأقلام طلاب بحث السيد محمد رضا والسيد محمد باقر السيستاني.

7- صدرت عدد من البحوث الخاصة ببعض المسائل الفقهية من قبل بعض المؤسسات والمراكز الدراسية من قبيل مركز ابن إدريس الحلي .

8-صدرت عدد من البحوث العلمية القرآنية والفقهية للسيد حسن بحر العلوم منها حول مسائل التعايش مع غير المسلمين ومنها حول القصة القرآنية .

9-صدرت عدد من البحوث والدراسات عن مركز الدراسات التخصصية في الامام المهدي عليه السلام وهي ردود على أدعياء الوهابية منها كتب للشيخ علي ال محسن ومنها كتب للسيد محمد علي الحلو وغيرهما .

10-صدرت عدد من البحوث العلمية في الأصول للسيد محمد جعفر الحكيم منها بعض تقريرات درسه في الأصول لأستاذه الشيخ محمد سند البحراني ومنها تقريرات درسه في الفلسفة لأستاذه الشيخ غلام رضا الفياضي الأول تحت عنوان سند الأصول والثاني تحت عنوان بحوث في علم النفس الفلسفي.

11-صدرت عدد من الدراسات العلمية في الحداثة تحت عنوان موسوعة الحداثة كما صدرت عدد من الكتب في هذا المجال للسيد صدر الدين القبانجي منها الإسلام والحداثة ومنها المباني الفلسفية للحداثة .

12-صدر بعض البحوث الأخلاقية والقرآنية للسيد مرتضى الشيرازي وهي خاصة دروسه في هذين المجالين بعنوان بحوث في علم الأخلاق .