لا يخفي على ألكثير ألمكانه ألتي يحضى بها الأزهر بين ألمسلمين عامه. مواقف الأزهر تجاه قضايا التكفير والتقريب بين المذاهب كثيره وفاصلة في تاريخ الصراعات الفكرية وألطائفية. وأكثرها شهرة هو موقف شيخ الأزهر محمود شلتوت رحمه الله من فتوى التعبد بالمذهب الجعفري. مواقف الأزهر الوسطية جعلت منه محل ترحيب من جميع الأطراف وخصوصاً من باقي المذاهب في ظل صعود التيار السلفي في المنطقة بصوره عامة ومصر في الفترة ألاخيرة. فبعد ألاحداث الأخير في مصر أثر مقتل مجموعة من الشيعة من بينهم الشيخ الشيعي حسن شحاته وأصحابة بطريقة بشعه ظهرت فتوى من شيخ الأزهر أحمد الطيب تقول: أن قتل الشيعة من أكبر الكبائر وأشد المنكرات. وهذا ألأمر وان كان مستغرباً في ظل هذه الظروف من الشحن الطائفي وفتاوي التكفير إلا أن الأمر بالنسبة للأزهر ليس بجديد. فبعد قيام الثورة المصرية وسقوط نظام مبارك إستغلت الحركات ألسلفية الفراغ الأمني وعدم الرقابة على الأموال التي تأتي من الخارج محاوله تقويض دور الأزهر. وظهر الأمر واضحاً من خلال الحوارات والنقاشات التي يثيرها الأخوان المسلمون وحزب النور السلفي في قنواتهم الفضائية محاولين طرح مرجعيتهم كمرجعيه بديلة لشيخ الأزهر أو أن تكون هنالك شخصية توافقية وأن يتم أنتخابها من بين من يرشحهم العلماء. سيطرة حزب الأخوان ألمسلمون على السلطة والعداء الأزلي بين تنظيم الأخوان ذو الجذور السلفيه وبين الأزهر الذي وجد نفسه محاط بمؤسسات وأحزاب ثرية مدعومة وتمتلك قنوات وأرصده. لم يستطيع الأزهر ان يقوم بدوره وغيب صوته منذ سقوط حكم مبارك حيث أرتفعت الأصوات التكفير. هذه الأسباب إضافة الى أن حركة الأخوان المسلمين فرضت نفسها على الأزهر من خلال كونها حزب إسلامي يتقمص رجاله دور الدعاة مما فتح المجال لكل من هب ودب بالخوض بعالم الفتاوي بطريقه غير منضبطه. مواقف شيخ الأزهر ألشيخ أحمد الطيب المعروف عنه ميله للوسطيه والذي يعتبر من أشد المناؤين للمدرسة السلفيه والتيارات المتطرفه. جعلت من السلفيين والأخوان المسلمين أن يشنوا حملة تشهير ضده وصل الأمر بالإساءه لشيخ الأزهر من على القنوات. الطريقة الثانية التي حاول جماعة التيارات السلفيه والإخوان ألسيطرة على الأزهر هي من خلال التشكيل وتغير طريقة أختيار شيخ الأزهر. وهو ما صرح به عبدالرحمن البر مفتي جماعة الاخوان المسلمين حيث قال أن منصب شيخ ألأزهر أصبح بإختيار جموع العلماء وليس بالتعيين والمعروف أن شيخ الأزهر يتم تعينه من قبل رئيس الجمهورية. وهو ما يعني أن التيار السلفي سوف يقوم بأقصاء من لا يرغب به ومن المستبعد أن توافق جماعة الأخوان المسلمون أو حزب النور السلفي على شخصية وسطية تكون على مشيخة الأزهر. أو يتحول منصب شيخ الأزهر كمنصب رئاسة الاتحاد العالمي لعلماء ألمسلمين ألذي أصبحت عبارة عن منبر لتكفير الطوائف وإصدار فتاوي القتل والكراهية. في أحداث ثورة ثورة 30 يونيو ألاخيره قدم الأزهر من قبل المعارضة وحركة تمرد كوسيط وطرف مفاوض بين المعارضة وحكومة الرئيس المخلوع محمد مرسي. فقد قبلت المعارضة ذات التوجه الليبرالي بشيخ الأزهر كوسيط لمعرفة هذه الأطراف للمكانة التي يتميز بها الأزهر والوسطية التي لا يمكن لمصر أن تلبس غيرها ثوباً. ظهر شيخ الأزهر ليلقي خطابة ويعلن خارطة الطريقة ويعيد للأزهر هيبته ويخيم الإعتدال على سماء مصر وينهي حقبة غطت فتاويها سماء الأزهر.
